नेपाल एकीकरण हुनु अघि हालको धनकुटा जिल्लाको भू-भाग पल्लोकिराँत राज्य अन्तर्गत पर्दथ्यो । काठमाण्डौमा मल्ल राजाहरुको शासनकालको समयमा अथवा नेपालमा बाइसी चौविसी राज्य हुँदा धनकुटा भेगमा ‘हाङ’ को दर्जाबाट लिम्बूहरु राज्य गर्दथे । त्यसताका अरुणनदीको वारिपट्टी चौदण्डी पल्लोकिराँतका १७ थुममा बाह्रजना हाङहरु राज्य गर्दथे । नेपाल एकीकरण अभियानका क्रममा पल्लोकिराँतका १७ थुमहरु गोर्खाली सेनाले आफ्नो अधीनमा लिएपछि इ.स.१७७४ देखि श्री ५ वडामहाराजाधिराज पृथ्वीनारायण शाहको नेतृत्वमा प्रशासित हुन थालेको उल्लेख भएको पाइन्छ । श्री ५ राजेन्द्रविक्रम शाह र प्रधानमन्त्री भीमसेन थापाको शासनकालमा प्रशासनिक दृष्टिकोणले वि.सं.१८७३ साल पश्चात देश १० जिल्लामा विभाजन भयो । विभाजन अनुसार दूधकोशी पुर्व माझकिराँत तथा पल्लोकिराँत मेची सिमानासम्मको भू-भाग चैनपूर धनकुटा जिल्ला अन्तर्गत पर्दथ्यो । राणाकालका तेस्रो प्रधानमन्त्रीका रुपमा वि.सं. १९४२ साल तिर बीर शम्सेर भए । यिनैको कार्यकालमा शाहकालीन नेपालको १० जिल्लाहरुलाई बत्तीस जिल्लामा विभाजन गरियो । यसै समयदेखि जिल्लाहरुको स्वरुपमा एकरुपता आएको र सामान्य परिवर्तन वाहेक राणाकालको अन्त्यसम्म जिल्लाहरुको त्यही स्वरुप रहेको देखिन्छ । पहाडी बीस जिल्लाहरुमा साधारणतया एक जना वडाहाकिम रहने व्यवस्था लागु गरियो । तर ति बीस जिल्लामध्ये पाल्पा, धनकुटा र डोटी जिल्लाहरुलाई बिशेषस्थान प्राप्त भयो । पश्चिममा पाल्पा र डोटी, पूर्वमा धनकुटा जिल्लालाई गौंडा बनाइयो । धनकुटा गौंडा वडाहाकिमको अधीनमा पूर्व १ नम्वर, २ नम्वर, ३ नम्वर, ४ नम्वर, इलाम र धनकुटा गरी ६ जिल्ला पर्दथे । त्यस समयको धनकुटा जिल्लाको क्षेत्रफल पनि ठूलो थियो । हालको संखुवासभा, तेह्रथुम, ताप्लेजुङ्ग, पाँचथर र धनकुटा गरी ५ जिल्लाको भू-भाग त्यस वखत धनकुटा १ जिल्लाको रुपमा थियो । धनकुटा गौंडा बनाइएको कारणले पूर्व क्षेत्रको धनकुटा जिल्ला शाहकालको जस्तै ठूलो प्रशासनिक केन्द्र भयो । २०१९ सालमा नेपाल अधिराज्यलाई १४ अञ्चल, ७५ जिल्लामा बिभाजन गरिएपछि छथर पश्चिम, धनकुटा, खाल्सा, मिक्लुङपहाड, चौविसे र झलहरा गरी छथुमहरु गाभेर धनकुटा जिल्ला बनाइयो । चौध अञ्चल ७५ जिल्ला विभाजन हुँदा साविकमा धनकुटा जिल्लाले चर्चेको भू-भाग पाँच जिल्लामा बाँडिएपछि हालको धनकुटा जिल्ला ६ वटा थुमहरु मिलेर बनेको सानो भू-भागमा सीमित रह्यो । धनकुटा नामकरण : धनकुटा नाम कसरी रहन गयो भन्ने सम्वन्धमा मेची देखि महाकालीमा यस्तो उल्लेख भएको छ – धनकुटाको सदरमुकाममा कागतेपोखरी अवस्थित छ । यो पोखरीको केही उत्तरमा डाँडाका दुई थुम्काहरु छन् । झलक्क हेर्दा यी थुम्काहरु ढिकीमा खामाहरु देखिने तथा कागतेपोखरी धानकुट्ने ओखल जस्तो लाग्ने र धानकुटेको जस्तो अनुभूति हुने हुँदा धानकुटा अर्थात “धनकुटा” रहेको हो भन्ने स्थानीय जनश्रुति छ ।